まとめる上で利用した参考文献等は以下のとおりです。

・「アラビア語入門」池田修著（岩波書店）

・「The Connectors in Modern Standard Arabic」Nariman AL-Warraki他著（American University in Cairo）
・「Modern Written Arabic」Elsaid Badawi他著（Routledge）

一言で言うと、疑問文では、「أم」は二者択一の場合に使われ、質問者は二者のいずれかになるかが分かっているのに対し、「أو」は二者以外の場合の可能性もあり得るということかと思います。

例えば、「أظنك تريد الخبز أو الماء」は「私はあなたがパンや水を欲していると思っている」という意味ですが、パンか水の二者択一ではありません。パンかもしれない、水かもしれない、そうでないかもしれないという意味合いになります。これが二者択一（パンか水か）とするには
「أو」ではなく、「أم」を使うということになります。

中級辞書の次期バージョンで様々な用例と共にまとめていますので、ご覧頂ければと思います。